Tras la marcha de Dišljenković al FC Metalurh Donetsk de Ucrania en el verano de 2005, Stojkovic regresó a Belgrado, y en una gran temporada como titular en el Estrella Roja ganó la Liga y la Copa.
En el verano de 2006, Stojkovic fichó por el FC Nantes, de la Ligue 1 de Francia para reemplazar a Mickaël Landreau. Después de un prometedor inicio, bajó en su rendimiento y perdió la titularidad en beneficio del suplente Vincent Briant poco antes de las vacaciones de invierno. Al mismo tiempo, surgió una grave crisis de resultados en el Nantes, lo que llevó a la destitución del gerente del club. Stojkovic país perdió el favor de la nueva directiva, que le buscó un nuevo club.
En enero de 2007, fue cedido por seis meses al Vitesse Arnhem, de la Eredivisie de los Países Bajos. El 3 de marzo, jugó su primer partido de la Liga holandesa, contra el Excelsior Rotterdam.
El 11 de julio de 2007, Stojkovic firmó un contrato de 5 años con el Sporting de Lisboa de Portugal. De nuevo comenzó bien, pero sufrió una lesión a mitad de temporada, y perdió su puesto en beneficio del joven Rui Patrício. Tras superar la lesión, no logró recuperar su puesto en el equipo.
Selección
Stojkovic fue el suplente de Nikola Milojevic en la Selección de Serbia y Montenegro Sub-21 que llegó a la final de la Eurocopa sub-21 de Alemania en 2004. Después, fue el capitán del equipo durante la Eurocopa sub-21 de Portugal en 2006 que alcanzó las semifinales del torneo.
Después de la llegada de Javier Clemente como seleccionador, en el verano de 2006, Stojkovic se convirtió en el guardameta titular de la Selección de Serbia. Hizo su debut contra la República Checa el 16 de agosto de 2006. Tras la no clasificación del seleccionado para la Eurocopa 2008, Clemente fue sustituido por Miroslav Djukic, que también siguió dando oportunidades a Stojkovic a pesar de sus irregulares actuaciones con su club.
En julio de 2008, Stojkovic fue seleccionado para el equipo olímpico que compitió en los Juegos Olímpicos de Pekín 2008.
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